طبق اسناد تاریخی، پیشنهاد ایجاد مکانی به نام موزه، برای نخستین بار در ایران از سوی مرحوم مرتضی قلی هدایت ملقب به صنیع الدوله مطرح شد که هرگز نتوانست به آرزویش جامه عمل بپوشاند؛
 


پس از آن، در سال 1295 هجری شمسی همزمان با تأسیس وزارت معارف و صنایع مستظرفه در ایران، اولین موزه به معنای اعم آن (قدیمی¬ترین موزه ایران به معنای اخص، موزه همایونی است که به دستور ناصرالدین قاجار در ضلع شمال کاخ گلستان در سال 1294 هجری قمری برپا گردید و متشکل از هدایای خارجی شاهان قاجار و جواهرات سلطنتی بود.) به نام "موزه ملی" به همت مرتضی قلیخان ممتازالملک با دارابودن بیش از 270 قلم شیء در یکی از اتاقهای مدرسه دارالفنون برپا گردید که پس از مدتی آثار تاریخی این مجموعه نیز از مدرسه درالفنون به تالار آئینه واقع در ساختمان مسعودیه منتقل شد.

همزمان با برپایی نخستین موزه در ایران و پی بردن مردم به اهمیت مواریث فرهنگی از یکسو، و از سوی دیگر با آغاز حفاریهای باستان شناسان اروپایی به ویژه هیأت فرانسوی به ریاست ژاک دمرگان (J.Demorgan) در شوش و لغو انحصار امتیاز کاوش فرانسویان در ایران در سال 1306 هجري شمسي ایجاد موزه ای جهت نگهداری و نمایش آثار به دست آمده از حفریات باستانشناسي احساس شد؛ از همین رو، از سوی دولت وقت به آندره گدار (A.Godard) مهندس معمار فرانسوی – که از سال 1308 هجری شمسی در استخدام دولت وقت ایران بود – ماموریت داده شد تا نقشه نخستین موزه علمی ایران را طراحی کند؛ در نهایت، ساختمان موزه ايران باستان به سبک معمـاری ايراني با سردر ورودي مشابه ايوان بلند طاق كسري مطلق به دوره ساساني و با آجرهاي قرمز رنگ بر اساس طرح مهندس معمار فرانسوي و با معماري حاج عباس قلي معمار باشی در سـال 1314 هجـری شمسی آغاز شـد و پس از 2 سال مورد بهره برداری قرار گرفت.

در حال حاضر، موزه ملی ایران شامل دو ساختمان مجزا به نامهای موزه ایران باستان (تاریخ تاسیس 1316 هجری شمسی) و موزه دوره اسلامی (تاریخ تاسیس 1375 هجری شمسی) است.